Ο Μητροπολιτικός Ναός της Αγίας Τριάδας χτίστηκε πάνω στα ερείπια παλαιότερης εκκλησίας το 1724. Στα 1770, μετά τα ορλωφικά οι Τούρκοι την γκρέμισαν.

Τότε στην ξύλινη γέφυρα - πέτρινη σήμερα- που υπάρχει μπροστά στο Ναό απαγχονίστηκε ο Μητροπολίτης Ιωακείμ και 300 πρόκριτοι του νησιού σφαγιάστηκαν κάτω στο λιμάνι.

Το 1835 άρχισε να κτίζεται πάλι. Τα χρήματα για την ανέγερση α προσέφεραν οι Λημνιοί καραβοκύρηδες εκείνης της εποχής. Πολύ πλούσιος είναι και ο εσωτερικός χώρος της εκκλησίας και ιδιαίτερα εντυπωσιακό το ξυλόγλυπτο τέμπλο.

Ο παλαιός ναός του Αγίου Γεωργίου στο Ρεπανίδι του Δήμου Μούδρου είναι κοιμητηριακός ναός, κηρυγμένος ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο. Αποτελεί χαρακτηριστικό δείγμα τρίκλιτης μεταβυζαντινής βασιλικής με νεοκλασικές επιρροές. Οι πηγές αναφέρουν ως έτος ίδρυσής του το 1860. Ο συγκεκριμένος τύπος ναού αποτελεί τον πλέον χαρακτηριστικό για την εκκλησιαστική αρχιτεκτονική των μεταβυζαντινών χρόνων στη Λήμνο. Ιδιαίτερα αξιόλογο είναι το ξυλόγλυπτο τέμπλο του ναού, που αντικατοπτρίζει την υψηλή αισθητική των τεχνιτών που το κατασκεύασαν. Τα θωράκια του τέμπλου με παραστάσεις ανθοστηλών, τα έντονα χρώματα των φορητών εικόνων του τέμπλου και του βημόθυρου αποπνέουν την αίσθηση της μοναδικής τέχνης που αναπτύχθηκε στη Λήμνο, αλλά και στα άλλα νησιά του βορειοανατολικού Αιγαίου κατά τη διάρκεια της μεταβυζαντινής εποχής.
 

Ο περίλαμπρος ναός του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου βρίσκεται στο χωριό του Μούδρου. Είναι τρίκλιτη βασιλική με νάρθηκα και ποικίλα μορφολογικά στοιχεία στην πρόσοψη. Εντύπωση προκαλεί ο τεράστιος ρόδακας καθώς και οι πύργοι του καμπαναριού. Ο εσωτερικός διάκοσμος της εκκλησίας είναι πραγματικά εντυπωσιακός.
Στον προαύλειο χώρο υπάρχει λαξευτή ωραία είσοδος με ημερομηνία 1904, όπου μαρτυρεί τη χρονολογία ανέγερσης. Σώζονται επίσης ανακατασκευασμένα κάποια κτίσματα που έχουν απομείνει από το παλιό μετόχι της Αγίας Μαρίνας. Ο ναός του Ευαγγελισμού κτίστηκε με προσφορές κατοίκων του Μούδρου.